วัดบัวขวัญเดิมเป็นเพียงสำนักสงฆ์ แต่ต่อมาเมื่อมีพระสงฆ์มาจำพรรษาและปฏิบัติสังฆกรรมมากขึ้น จึงได้รับการพัฒนาขึ้นมาเป็นวัดเมื่อวันที่ 24 มิถุนายน พ.ศ. 2435 มีนามว่า "วัดสะแก" โดยมีพระครูปรีชาเฉลิมจากวัดเฉลิมพระเกียรติวรวิหารเป็นผู้เริ่มสร้างวัด และเป็นเจ้าอาวาสในช่วงแรก

พ.ศ. 2491 พระอธิการพยุง จัตตมโล จากวัดกำแพง ได้รับนิมนต์จากชาวบ้านให้มาเป็นเจ้าอาวาส เนื่องจากการมรณภาพของอดีตเจ้าอาวาส จากนั้นจึงได้มีการบูรณปฏิสังขรณ์เรื่อยมา กระทั่งมีผู้มีจิตศรัทธานามว่า นายบัว ฉุนเฉียว บริจาคที่ดินให้กับวัด ซึ่งในเวลาต่อมาจึงได้เปลี่ยนนามมาเป็น วัดบัวขวัญ เพื่อเป็นเกียรติแก่ผู้บริจาคที่ดิน และได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 24 มกราคม พ.ศ. 2506 โดยมีพระอธิการพยุง จัตตมโล เป็นเจ้าอาวาสถึงปี พ.ศ. 2520 และพระอธิการบุญช่วย ปุญญคุตโต ดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสถึงปี พ.ศ. 2535

พระมหาไสว สุขวโร (ป.ธ.4) ผู้ช่วยเจ้าอาวาสวัดบางแพรกเหนือ ได้มาดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสเมื่อปี พ.ศ. 2537 โดยได้รับพระราชทานสมณศักดิ์เป็นพระราชาคณะชั้นสามัญที่ "พระโสภณสุตาลังการ" ถึงปัจจุบัน และได้พัฒนาวัดบัวขวัญทั้งในด้านถาวรวัตถุ ปรับปรุงภูมิทัศน์ ตลอดทั้งให้ความสำคัญด้านการศึกษาพระธรรม กระทั่งเป็นโรงเรียนพระปริยัติธรรมแผนกบาลีประจำจังหวัดนนทบุรี แห่งที่ 1 และยังเป็นสถานที่ปฏิบัติธรรมสำหรับอุบาสกอุบาสิกาในทุกวันสำคัญ และให้ความสำคัญทางการศึกษาโดยเปิดเป็นสถานที่เรียน ก.ศ.น. อีกทั้งยังมีการจัดกิจกรรมสำหรับพุทธศาสนิกชนและประชาชนทั่วไปเมื่อถึงวันสำคัญทางศาสนาและวันนักขัตฤกษ์เรื่อยมา

พระอุโบสถจตุรมุขของวัดบัวขวัญฯ ได้เริ่มก่อสร้างเมื่อเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2546 โดยมี พระพุทธเมตตา (จำลองมาจากพระพุทธเมตตาที่ประดิษฐานในเจดีย์พุทธคยา ประเทศอินเดีย) เป็นพระประธานในพระอุโบสถ

วัดบัวขวัญได้รับการพระราชทานพระบรมราชานุญาตสถาปนาเป็น พระอารามหลวงชั้นตรี ชนิดสามัญ